การเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำตามมาตรฐานการปฏิบัติทางการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำที่ดี GAP และ มาตรฐาน CoC ให้ความสำคัญอย่างยิ่งต่อความปลอดภัยของผู้บริโภคและสิ่งแวดล้อม ดังนั้น การใช้ยาสัตว์ สารเคมีและวัตถุอันตรายทางการประมง จึงต้องเป็นไปอย่างถูกต้องตามหลักวิชาการ โดยในการให้รับรองมาตรฐานฟาร์มเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ จะต้องมีการตรวจสอบการใช้ยาสัตว์ สารเคมีทางการประมงที่มีการขึ้นทะเบียนถูกต้อง กรณีที่มีการใช้เป็นไปตามที่ระบุในฉลากและมีบันทึกข้อมูลการใช้ และต้องไม่พบการตกค้างเกินค่าที่กำหนด
การปนเปื้อนของยากำจัดศัตรูพืชหรือยาฆ่าแมลง ที่ใช้ในการเกษตร อุตสาหกรรมและสาธารณสุขมีโอกาสที่จะเข้าสู่ระบบของการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำและการทำประมงชายฝั่ง กลุ่มสารพิษเช่นกลุ่มออร์กาโนคลอรีนเป็นกลุ่มหนึ่งซึ่งออกฤทธิ์ต่อระบบประสาท การสะสมของสารเคมีเหล่านี้ในห่วงโซ่อาหารจะแพร่กระจายสู่สิ่งแวดล้อมวงกว้างและเกิดการสะสมของสารพิษในปริมาณที่เข้มข้นจนเกิดอันตรายต่อสิ่งมีชีวิตด้านบนของห่วงโซ่อาหาร
โลหะหนักในสัตวน้ำ เป็นสารปนเปื้อนจากสิ่งแวดล้อมที่สัตวน้ำอาศัยอยู่ การพัฒนาทางด้านการเกษตรการปศุสัตว์และการเพาะเลี้ยงสัตวน้ำ น้ำทิ้งจากชุมชนเมือง เหล่านี้เป็นปัจจัยให้เกิดความเสื่อมโทรมของแหล่งน้ำ ซึ่งเป็นที่อยู่อาศัยของสัตวน้ำ สิ่งที่หลีกเลี่ยงไม่ได้คือการปนเปื้อนของโลหะหนักซึ่งถูกนำมาใช้ในอุตสาหกรรม เช่นอุปกรณ์ผลิตพลาสติก พีวีซี สี ถ่านไฟฉาย ทางด้านการเกษตร ใช้เป็นส่วนผสมของยาฆ่าแมลงและปุ๋ย ทางด้านการแพทย์ใช้เป็นส่วนผสมของยา อุปกรณ์ทางการแพทย์และเครื่องสำอาง โลหะหนักเป็นสารที่คงตัว ไม่สามารถสลายตัวได้ในกระบวนการธรรมชาติ จึงมีบางส่วนตกตะกอนสะสมอยู่ในดิน ดังนั้นการตรวจติดตามปริมาณการปนเปื้อนของโลหะหนักในสัตวน้ำ จึงเป็นสิ่งหลีกเลี่ยงไม่ได้